Od października 1939 roku niemieccy specjaliści przejęli kontrolę nad Zakładami Południowymi, a od czerwca 1940 roku działały one już pod nazwą „Stahlwerke Braunschweig – Werk Stalowa Wola”. Potencjał fabryki w okresie II wojny światowej wykorzystywany był do celów strategicznych III Rzeszy, a w momencie opuszczenia Stalowej Woli przez Niemców (1 sierpnia 1944 roku) ok. 20% wartości Zakładów Południowych zostało bezpowrotnie utracone.
